¿ Puede fixboot fastidiarme las particiones del disco duro?

Tengo varios disco duros. El de sistema es un sata con dos particiones. En la primera está el XP y quiero arrancar desde esta perome dice q falta el hal.dll o está corrupto (en realidad si está). El caso es que si meto el cd de win xp y no toco nada arranca perfectamente. ¿No se si al hacer el fixboot se puedes fastidiar las particiones?.
Gracias.