Problema en S.O. ¿puede ser por los discos duros?

Hola,
Tengo un problema en el PC de mi mujer (montado por mi hace 7 meses), que me trae de cabeza y no he encontrado la solución, por lo que quisiera descartar que puedan ser los discos, para mirar de solucionarlo buscando otra causa.

Esta es la configuración (todo sin OC):
CPU ------ Athlon 64 3200+ (venice)
PB - ------ Asrock 939 DualSATA2
Memoria - 1 Gb Dual chanel 400 Kingston
Gráfica --- XFX Geforce 6500
XP SP2 (es la versión de mi portatil DELL que se la he puesto en el clónico)

y ahora viene el tema de los discos duros:
Antes tenía el
ST3160211AS (Seagate de 160 Gb 7200.9 en modo SATA2) como S.O. y ningún problema (exceptuando que era algo ruidoso)
y todo iba bien hasta que no sé si será casualidad que cambio ese disco por el mismo con más cache:
ST3160811AS (Seagate de 160 Gb 7200.9 ahora en modo SATA) y lo dejo para datos y memoria virtual con dos particiones y añado el
ST3320620AS (Seagate de 320 Gb 7200.10 en modo SATA2) y lo pongo para S.O con varias particiones.
Los dos son nuevos y van bien; ningún test detecta nada anormal, y la verdad es que el sistema va de la leche pero aquí esá el problema:
Según he formateado y comienzo ha instalar todo, llega un momento en que tras reiniciar cuando hago doble click en una aplicación o el navegador o cualquier ejecutable, se queda pensando y no hace nada. Puedo seguir abriendo carpetas y moviendo el ratón y pulsando en más procesos pero nada de nada. Tras un rato los abre todos a la vez.
Si reinicio va todo como la seda. No me lo hace simpre pero si a menudo.
He probado a no instalar parches, a cambiar antivirus, a poner driver antiguos pero a veces me lo hace tras formatear limpiamente y sin haber instalado ningún programa en particular.
Lo que me gustaría saber es si puede ser de los discos duros o si puedo descartar por completo que este problema sea causa de ello.
Como ha coincidido tras el cambio, es lo que me tiene mosca, no vaya a ser que esté buscando la causa en software y sea hardaware (vamos, los discos)
¿Alguien puede aportar algo de luz?

Gracias

En el 320 Gb en SATA2 está una pequeña de 50 Gb para S.O. como arranque y el resto documentos. NTFS y ámbas primarias.

En el 160 Gb tengo dos más primarias y también NTFS para archivos una y otra memoria virtual caché de programas, etc...

Luego tengo un ATA 100 de 20 Gb con otra partición primaria para meter 'trastos' en NTFS

Por cierto, las acabé de montar (no todas estaban como primarias) desde windows (consola de recuperación>discos) pues en un principio usé Discwizard de Seatools (software de gestión de Seagate) y no me quedó muy allá la cosa.