Problemas con el Cooler

Tengo una Laptop Amicus 3600, 700MHZ, 64MB, resulta q el cuando prendo la maquina, el cooler funciona perfectamente hasta justo antes de iniciar el sistema ooperativo, ya probe cambiando este le puse Win 98, ME, y XP pero el problema es el mismo, pero cuando inicio el sistema en modo a prueba de fallos, el cooler funciona perfectamente, tambien formatee por completo el disco duro, pero nada, alguien puede ayudarme?????