esta particion supera eol limite dedl cilindro 1024 y pueda!

tengo un problema, usando el partition magic fusione 2 particiones pero ahora no me arranca, use los discos de rescates y me dice en un lugar "esta particion supera eol limite dedl cilindro 1024 y puede no ser arrancable".
busque ayuda en el partition magic y me dice que ejecute SYS.COM y que mande los archivos de arranque al principio de la particion. Mi pregunta es Donde lo ejecuto y como copio esos archivos al principio de la particion.