Veo que este tema es algo que trae a mucha gente de cabeza, asi que voy a intentar ayudar en lo que pueda con esta miniguia.
Lo primero es separar entre Intel y AMD, por lo que empezaré por Intel:

Intel:
Lo primero es conocer los shokets de Intel, que son el 478 y el 775. El 775 es el último shoket de Intel. Ambos poseen disipadores específicos, los cuales nos ayudaran a bajar esos grados que nos preocupan tanto.
Para Intel existen muchas marcas que hacen buenos disipadores, como Aerocool, Akasa, Cooler Master, Zalman, Thermaltake o Thermalright. Bien, yo voy a poner algunos de los mejores disipadores que podemos encontrar, divididos en dos categorías, lo mejor que podemos encontrar en el mercado para refrigerar nuestra torre y que no se nos quede corto ningun OC....

1. Disipador CPU - ZALMAN CNPS7700 - COBRE

2. Disipador CPU - SilenX SX-120C - COBRE

3. Disipador CPU - Aerocool HT-102

4. Disipador CPU - Akasa Evo120

5. Disipador CPU - Thermalright SI 120

6. Disipador CPU - Titan Vanessa L-Type

7. Scythe Shogun Heatlane

como veis no pongo todos, sino que pongo algunos que a mi enterder son muy buenos y de una calidad mas que contrastada....

ahora paso a poner los de AMD

AMD:
Necesitamos conocer los tipos de shocket que tiene AMD, que son Socket A/462/754/939/940. Exiten las mismas marcas que en el caso de Intel, pues los fabricantes no cambian, solo cambian los productos y en algunos casos solo cambian los tipos de sujeccion. Ahora voy a poner una lista con algunos de los mejores disipadores del mercado, en cuanto a calidad, precio, potencia y diseño.

1. Disipador CPU - SilenX SX-120C - Cobre

2. Disipador CPU - Thermalright SI 97A

3. Disipador CPU - Titan Vanessa L-Type

4. Disipador CPU - Aerocool HT-102

5. Disipador CPU - Akasa Evo120

6. Disipador CPU - ZALMAN CNPS7700 - COBRE

Como veis estos son algunos de los mejores ejemplos es disipadores que hay por el momento, obviamente dejando a un lado los bloques de las RL.

Ahora voy a intentar explicar como montarlos de una forma estandard para que todos lo entiendan y quede mas o menos claro.
Lo primero que necesitamos es saber el shocket de nuestra placa base, que es el soporte donde va montado el micro. El shocket, para el que no lo sepa, viene especificado en el manual de intrucciones de la placa base que tengais. Una vez sabemos el shocket adquirmos el disipador que más convenga a nuestros requisitos. Podemos buscarlos silenciosos, que ofrecerán poco ruido y poco nivel de refrigeración; podemos buscarlos potentes, que nos darán unas CFM muy buenas con una cantidad de DB un poco superior a la media; también podemos buscarlos de modding, con neones, palas nacaradas, etc etc, pero esto incrementará su coste.
Una vez adquirido el disipador tenemos que comprar la pasta térmica. Yo recomiendo Artic Silver 5 - 3.5 Gramos, que es lo que mejor resultado os dará. Hay disipadores que traen ya un bote de pasta térmica, pero si no sabeis de que tipo es y no viene reflejado en el manual no dudeis en adquirir un tubo de Artic Silver 5, que es lo mejor, garantizado.
Ya tenemos todo lo necesario. Ahora pasamos al montaje. Lo explicaré lo más facilmente posible, a fin de tener una referencia, pues cada montaje es un mundo, asi que trataré de hacerlo facil y somero.
Lo primero es desmontar la placa base para poder engarzár la parte trasera del disipador, si es que lleva. Hay modelos que llevan una plancha de metal para fortalecer la sujeccion, hay otros que se enganchan mediante tornillos, otros mediante palanca, etc etc.
Quitamos el antiguo disipador con el mayor quidado posible, y limpiamos el microprocesador de restos de pasta térmica que haya en él. Podemos usar limpiadores para el uso, limpia-uñas de los de vuestras madres/novias/hermanas/mujeres/amig@s o alcohol, todos darán un resultado similar; debemos hacer esto con mucho cuidado y repetirlo hasta que quede lo más brillante y pulido posible. Una vez tenemos echo esto, tubo de pasta térmica en mano, ponemos una gota del tamaño de un kiko y la extendemos por todo el micro, sin que queden burbujas o partes del micro que se vean.
Cuando este todo cubierto ponemos el micro encima y lo sujetamos fuertemente para que no se mueva. Agarramos el disipadoir con los enganches propios, procurando hacerlo sujetando uno a uno por extremos opuestos, para una sujeccion firme y segura.
No voy a entrar en el montaje de cada disipador pues depende del micro. Si alguien quiere que le ayude no tiene mas que decir el modelo que tiene de disipador y de placa base y con gusto le ayudaré en todo lo que pueda.

Nota: Quiero que quede claro que los disipadores arriba mencionados no son los mejores ni los más vistosos, simplemente son una muestra de los buenos disipadores que hay actualmente. Cada uno es libre de adquirir el que vea necesario y preguntar o pedir ayuda en cualquier tema relacionado con el.