1. Con Linux efectivamente no vas a tener problema algun,pero la mayoria de la gente no lo quiere,aunque hay versiones magnificas , como las ultimas de Ubuntu.

2.Creo que no es legal,las versiones que salieron de prueba ya han caducado su validez ,el cliente tiene que tener una copia legal o bien una particion de recuperacion como suele ser el caso de la mayoria de portatiles o ambas opciones en algunos casos (pocos he visto ).

3. Podrias tener problemas si en la factura pone algun concepto como reinstalacion del sistema operativo,la mayoria de denuncias al respecto son provocadas por usuarios o personal mismo insatisfecho o como venganza.
Si no sale nada al respecto en la factura es tu palabra contra la suya.
Es una practica poco habitual en tiendas serias,lo que a ti te conviene es vender siempre el sistema operativo original,pero si vendes por componentes sueltos veras que pocos te van a comprar la licencia de Windows,alla ellos.

En PcBox (el caso que conozco mejor )no reinstalabamos sistemas operativos no legales nunca,otra cosa era que se areglara algun problema de virus,malas configuraciones,etc...y vieramos que el equipo no llevaba la tipica pegatina ,el trabajo se hacia igual,siempre que no implicara el formateo y reinstalacion del Windows,en ese caso se ponia en contacto con el cliente para saber si nos proporcoinaba el DVD origial o queria una nueva,sino no se hacia el trabajo.
Ya te comento que la mayoria no llevaban la pegatina original.