Bueno lo que he hecho ha sido:
1. Eliminar partición del disco duro.
2. Partir disco duro en 2. La primera partición sin formatear y la segunda formateada.
3. Instalar SO en la segunda formateada.

Como el fallo estaba en los sectores del principio el ordenador ahora se salta esos sectores al no estar formateado.

Ha sido arreglo-parche, lo que aguante, pero de momento funciona.