Antiguamente recién salidos los core 2 duo se hablo mucho del tema,la diferencia estaba en que intel por cada ciclo de reloj hacia mas cálculos que los amd,por ponerte un ejemplo en 1 ciclo de reloj (en castellano 1 hz) intel hacia 12 cálculos frente a los 8 de amd (no recuerdo bien las cifras te las pongo de ejemplo) eso hablando de 1 hz cuando nos metemos en "2000 Mhz" imagínate la diferencia como se abulta,de ahí que intel con menos frecuencia sea mas potente que amd a mas.

Espero que se te aclare la duda,si no me equivoco este es el motivo,saludos.