Yo una vez solventé un problemilla también de particiones y etc con Partition magic. Es gratis. Te bajas la imagen iso (cabe en un CD) la grabas y reinicias el pc con ese software, creas las particiones y después instalas donde quieras.

De todas formas, sinceramente no creo que haya sido culpa del programa que has usado para crear las particiones, como dices tiene mas bien pinte del propio instalador del win7, pero por probar . . . .

Otra solución pasaría por intentar instalar otro win7 diferente (que te dejen otro o volver a descargar).

Es raro raro eso eh? Y mira que yo me paso la vida instalando, formateando, etc de todos los pc's de mis amigos y compañeros de trabajo con todos los tipos de windows (realmente XP / VISTA Y 7).