En el caso del llenado de ceros, no debería pasar nada si se interrumpe, pues simplemente tendrías una parte "limpia" y otra con datos antiguos.
En el caso de un auténtico formateo a bajo nivel, teóricamente si se interrumpe el disco quedaría a efectos prácticos inutilizado, y para poder usarlo tendrías que repetir el proceso desde el principio.

El llenado de ceros tiene como finalidades la eliminación segura de datos y la detección de sectores defectuosos (la unidad se percata de los sectores dañados cuando los escribe; si mandas escribir en toda la superficie, sea lo que sea, la unidad comprobará todos los sectores y marcará, reasignará y remapeará aquellos que estén en mal estado).