Lo ideal es establecer el modo antes de instalar el sistema operativo. Si no, tendrás que meter drivers a posteriori, lo que puede darte algún problemilla si Windows tira de driver genérico (del tipo corrupción de datos).

A parte, el modo a usar depende del sistema operativo que "calces". Windows 7 le saca partido al AHCI (podrías notar una mejora del rendimiento activándolo) mientras que el XP no (pues no está preparado para ello [cosas de la edad]; no notarías la diferencia entre tenerlo y no tenerlo).