Bueno, lo primero que te recomiendo es que intentes leer lo maximo posible sobre estos temas y despues analices si de verdad lo necesitas.

Algunas veces no por poner mas ventiladores vamos a tener un sistema mejor ventilado y por ende mejor temperatura, lo que si vamos a conseguir es un equipo mas ruidoso.

Por ejemplo... si tenemos un disipador con un ventilador que coge aire de la parte frontal hacia la trasera, ponerle un ventilador perpendicular en el lateral segun disipador que tengamos y posicion de este ultimo ventilador podria ser una muy mala idea porque el aire de este podria anular al del disipador obteniendo peores resultados que sin el.
Estas rompiendo el flujo del aire.

Un ventilador lateral seria por ejemplo buena opcion si tenemos un disipador de referencia en el procesador.

Segun veo en tu firma tienes un zalman, por lo que te recomendaria la siguiente configuracion para mantener un flujo de aire correcto.

Un ventilador frontal metiendo aire al equipo y otro sacando aire por detras a la altura del procesador que es donde normalmente se encuentra.

Con eso tendras un buen flujo de aire en la mayoria de los casos mas que suficiente.

Con respecto a tus dudas.

Los ventiladores con conexion de 3 pines, positivo/negativo/rpm, se pueden conectar directamente a la placa base.

Ademas estos ventiladores tambien se podrian conectar directamente a la fuente atraves de un adaptador a molex de 4 pines que normalmente vendra con el ventilador cuando lo compres.



En el mercado ademas de ventiladores de 3pinestambien encontraras ventiladores que van directamente a molex de 4pines de la fuente, estos normalmente son los mas baratos y no pueden ser regulados a no ser que se conectes a algun rehobus o algo asi.

Lo s de 3pines pueden ser regulados por rehobus o por la placa base, el tercer pin de revoluciones (rpm) es el que da lectura de las revoluciones del ventilador y puede ser regulados.

Despues y por ultimo tambien estan los de 4pines PWM, si te fijas en la primera imagen la conexion en la placa base es de 4 pines, aunque las placas bases actuales traen de los dos tipos de 3 y de 4, la tuya llevara de 3 y 4, de 4 solo para el cpu, estos ventiladores pwm son controlados(la velocidad) por pulsos. Su control es mas preciso que todos los anteriores.

Siempre que vayas a conectar algo, por tu seguirdad y la de tu equipo hazlo con el apagado y una vez conectado entonces enciendes.

Saludos y espero haberte aclarado algo mas, aunque creo que puedo averte confundido aun mas