Te aconsejo de lo único que se sobre el tema. El disipador del NB puedes sustituirlo por uno de cobre y cortarlo para que te entre bien en la caja. El del procesador no se si lo has visto. Los E8400 inbox tienen un disipador bastante bajito y que los mantiene bien refrigerado, no se si te entraría o no.
De todas formas, si la caja la vas a hacer tu mismo no hay mucho problema en que la adaptes a tu hardware, que de eso se trata ¿no?

Un saludo.