en principio un Windows no pisa la "manguera" a otro Windows, es decir, que si hace falta crea otra partición y allí que se pone... otra cosa es que tubieses un linux, y fuese a poner linux... ahí si lo tenias jodio, porque tendrias que jugar con algún gestor de arranque.. Y sobre comflictos, no tienen por que surguir.
Mucho love.