Lo primero... lo suyo es ke al inciar la instalación elimines la partición y formatees el disco...
lo segundo... si deseas consevar archivos o carpetas es ke uses entornos bootables como Windows preinstalation y renombres las capetas documents and setting, archivos de programa y windows e instales el sistema...
Y por ultimo si no has hecho nada de lo anterior como es el caso... ahora debes borrar la carpeta windows vieja ya ke no te hace falta y en herramientas/opciones de carpeta/ver le dices mostrar todos los archivos y carpetas y en tu raiz ( C: ) hay el archivo boot.ini, lo ejecutas con el bloc de notas y eliminas la la linea del sys anterior...

Salu2