Has de poner dos Prime95 a la vez, uno en cada directorio, pero no has de definir la afinidad en el Administrador de Tareas, si no, en el propio programa.

Advanced > Afinity

Si el programa no lo permite, desde el administrador de tareas, sino dese el mismo programa y siempre has de tener el programa en dos carpetas diferentes, para ejecutar los dos a la vez.

Yo por ejemplo tengo la carpeta:

"Prime95" y dentro de esta "Core_0" y "Core1"

PD: Preparte a ver como suben los grados de la CPU, te lo digo con conocimiento de causa.