Asi es, simplemente tienes que llevar el cable de rpm a la placa y no al fanbus, si te fijas en las fotos de los ventiladores terminados yo lo hice así, el fanbus que hice tiene conexiones tipo altavoz y van los cables sin conectores y el enchufe de 3 pines solo tiene el cable de rpm. En tu caso si usas los conectores de 3 pines lo que puedes hacer es sacarle el conector del cable de rpm y ponerle otro enchufe, siempre y cuando la longitud del cable te lo permita. Tambien puedes hacerte adaptador como lo llevan algunos reguladores comerciales, se trata de un cable que por un lado es molex de 3 pines macho para conectarle el ventilador, y luego saca dos cables hembras, uno con el cable de rpm para conectar a la placa y el otro con los cables de corriente para el fanbus.

EDIT: Encontré un grafico de dichos cables que incluye zalman en el MFC1.. allí llevan a la placa el cable de rpm y otro de tierra, aunque considero que éste último no hace falta, en las pruebas que hize con solo el cable de rpm ha funcionado perfectamente.