Ese agujero no es más que un indicador de orientación. Ha de apuntar hacia el eje de la palanca del socket.
No hay que rellenarlo ni mucho menos, aunque que le entre un poco de pasta térmica es normal.

avila2474, el procesador lleva un diodo on-die. Dicho diodo va integrado (dentro) en el encapsulado que hay debajo del heatspreader.