Ni es mejor ati ni es mejor nvidia.

La única respuesta objetiva que puedo darte es algunos juegos están optimizados para ATI y otros para nvidia, por ejemplo.

Pci-e es un sistema de conexión más moderno, no es que sea mejor o peor en la práctica, aunque con el paso del tiempo acabará aprovechándose su mayor ancho de banda.

Ciertos modelos de gráfica sólo existen para agp o para pci-e, otros modelos los hay disponibles en ambas versiones.

Si no has cambiado de placa, tu placa es AGP, y tu gráfica tendrá que ser AGP.

Según las pruebas que he hecho hasta ahora en la tienda, de las agp que mencionas la que más rendimiento te dará es la ati 9550 256. La nvidia 5500 me ha decepcionado.