Creo que no,si lo cuando lo formateaste al instalar el sistema operativo optaste por el formateo "largo"...y no por la pocion de formateo rapido, que no borra realmente los datos del disco, si no lo hiciste asi pues seria recomendable la proxima vez que lo hagas.
El programa que te comento tiene muchisimas mas opciones de desfracmentacion mejores que el desfracmentador basico que incorpora Windows,incluso te puede desfracmenta los archivos del propio sistema operativo,(cosa que no hace el de windows ) o por ejemplo los progamas y documentos o archivos que ve que usas con mas asiduedad los coloca en la zona del disco que tiene un mayor acceso o acceso mas rapido del brazo lector o cabezal de lectura del disco duro..por hacer algun comentario al respecto.
Tambien puedes usar otros programas para ver la velocidad de lectura y escritura del disco con ....por ejemplo el HD tune (pro):
http://www.hdtune.com/
Tambien tiene una version mas limitada gratuita.