Pueden ser varias cosas, lo más probable esque sea alguna publicidad del Messenger que descarga de vez en cuando. Prueba a deshabilitar cualquier publicidad, cualquier etiqueta lateral y cualquier banner del messenger dentro de la configuración del Windows Messenger.
Si tu messenger no es el Windows Live Messenger, te recomendaría que te instalases el oficial, ya que podría venir el tuyo con publicidad oculta.

Te recomiendo también que instales el Spybot SD y pases un chequeo completo.
También pásale el MalwareBytes AntiMalware.