Las unidades ópticas como grabadoras de DVD, Blue-Ray, etc mientras no estén pegadas una encima de otra da igual, las pondría donde molestaran menos, te gustara más o dejarán un hueco para esconder cables en un sitio más cómodo.

Los discos duros siempre abajo, o donde les llegue ventilación directa. Si solo tienes uno lo pondría enfrente del centro del ventilador frontal, recibirá aire por arriba y abajo y se calentará menos , y de paso actuará de divisor del flujo de aire entre la parte inferior y la superior, lo que puede venir bien.

Por curiosidad, ¿qué pediste al final?.