Prueba lo siguiente:

Desenchufa el router del switch gigabit y deja tan solo enchufado el nas gigabit y el pc con lan gigabit y prueba a realizar una transferencia de archivos entre ambos.

Si la cosa mejora es que el switch esta sincronizando a 100mbs por culpa del router, ya que hay muchos que sincronizan a la velocidad del más lento de los que esten conectados al switch. Si es este tu caso la unica solucion pasa o bien por separar las redes, cosa que te dara un faenon haciendo tunneling para redirigir el trafico a una u otra red, o bien comprarte un router que tenga directamente un switch gigabit integrado.