Creo que con sata es indiferente, pero con IDE, lo mejor era Master los HDD y Slayer(esclavo) las grabadoras, es decir un master HDD + esclavo DVDR. Pero eso en IDE si tenia algo que ver por que usaba el mismo cable para datos.

Ahora te interesa poner el SSD en Master 1 y HDD Master 2 para a la hora de eleguir arranque secuencia empezara supongo por el primer master.

Si me equivoco que vengan y me corrigan, por que no te lo puedo asegurar en SATA.