Pues leyendo ese artículo (en inglés por supuesto) tiene pinta de ser una cagada. Me alegro de no haber pasado a SB xD

Why, you ask? Because I solved the issue by disconnecting the USB3_34 Front Panel slots that share bandwidth with the PCIExpress x 16 slot. I have disconnected, reconnected, changed Graphic cards and slots to test my motherboard and it keeps working with the above solution.
Según dices, tu problema persiste si desconectas el USB3 del panel frontal, pero todo va bien si pones la tarjeta en el PCIe_2 (8x). Has probado a desactivar el modo USB3 de la BIOS para el panel frontal o completamente? Ya que según dice (y es totalmente cierto, ¿qué les costará hacer más conexiones de datos en vez de usar PCIe16x para todo...?) el USB3 está compartido con el PCIe16x.

También menciona que algunos casos han resultado en PCIe16x muertos... cómo está el patio..

Teniendo eso en cuenta, quizá te siga pasando con una placa nueva si es el mismo modelo. Esperemos que te solucionen el problema y no vuelva a pasar.

Saludos!