Si es recomendable, ya que el disco / SO no lo vas a dañar, y al usar esa partición como almacenamiento tendrás un mayor "orden". Procura no guardar muchas cosas en la misma partición del SO, que luego vienen los problemas de formateos y demás y venga a buscar datos sueltos en 30 carpetas distintas por todo el sistema xD

Dejale un espacio razonable al SO, para instalar aplicaciones.