Al final lo he arreglado. He iniciado desde el DVD de instalacion y en la terminal seleccionando la unidad he puesto:

Bootrec.exe/FixMbr
Bootrec.exe/FixBoot

Asi que ya esta arreglado. Le pasare el Nod32 a ver que encuentra (por si todavia sigue el virus ahi) pero esta semana que viene formateare el ordenador, que despues de mas de un año falta le hace tambien.

Por lo que he leido, el formateo que hace el disco de instalacion no borra los archivos, sino que le dice a Windows que el espacio es suyo y Windows sobreescribe los archivos. Hay algun programa que borre del todo los datos, como si el HDD saliese de fabrica?

Gracias por la ayuda!