En 20 cm si no tienes ningun venti lateral a la altura del micro te debe entrar, solo que seguramente rozara el lateral

EL Noctua U es un pelin mas pequeño que el Ninja, 2 o 3 mm nada mas

Si te lo puedes permitir y quieres asegurarte que cabe, vete a por el C, que aunque suba un par de grados el micro, bajara la temp de la placa porque reparte el aire mejor